▲台北小巨蛋在萬眾期待下落成，成為市民的藝文休閒所在。（圖／東森國際提供）
台北市政府接管小巨蛋後，立即斷水斷電，立場相當強硬，一再強調接管小巨蛋是於法有據，指控東森巨蛋公司因涉及圍標及違約，台北市政府已與東森巨蛋公司終止合約在先，原本希望能與東森巨蛋公司協議順利接管，但東森巨蛋公司卻向法院起訴請求確認合約有效。市府認為，將來東森巨蛋公司若聲請「假處分」，屆時市府人員恐將無法進入小巨蛋，因此決定接管。
台北市政府接管小巨蛋時，帶隊的台北市政府副秘書長楊錫安說，台北市政府是依據《政府採購法》及台北市議會通過的《台北市市有財產委託經營管理自治條例》準用《行政執行法》接管小巨蛋，一切合法；同時，台北市政府也發出新聞稿，強調已依法、依合約要求東森巨蛋公司將小巨蛋返還卻遭拒，市府並指責東森巨蛋公司於8月20日還向法院提告，意圖利用訴訟手段拖延台北市政府接管的程序，台北市政府為維護市民權益，只好決定接管。
當時，楊錫安副秘書長在小巨蛋大廳內開記者會，拒絕讓東森巨蛋公司董事長邱佩琳進入現場，她在小巨蛋外隔著玻璃門譴責台北市政府的行徑，強調台北市政府不該只依據台北地檢署一紙起訴書，就片面終止合約。邱佩琳一度哽咽說：「市民就這麼沒保障嗎？我真的覺得台北市政府好可恥、好丟臉。」
▲台北市政府2007年8月接管台北小巨蛋，東森巨蛋公司員工不得其門而入。（圖／方賓照攝／轉載自《自由時報》）
邱佩琳董事長還痛批，馬英九前市長在特別費案被起訴後，除了宣布參選總統，當時台北市政府也相信馬英九是清白的，但東森巨蛋案起訴隔天，台北市政府就宣布解約，質疑台北市政府是兩套標準。當時的台北市政府法規會葉慶元主委對此回應媒體說：「馬英九被起訴是全民皆知的政治案件，不能與小巨蛋案相提並論。」
2007年8月台北市政府接管小巨蛋後，由台北市文化基金會執行長李永萍領軍，接下小巨蛋的營運任務，並於隔年的9月1日，將小巨蛋的營運轉由台北市捷運公司負責至今。
台北市政府接管小巨蛋後，東森巨蛋公司仍不放棄希望，除了到法院打官司求償，也希望有一天能再回到小巨蛋，但經過多年纏訟，東森巨蛋公司員工只剩負責人林克謨。2016年6月，東森集團決定將東森巨蛋公司出售，出售金額不到百萬元，東森媒體集團已不再擁有當年的東森巨蛋公司。
儘管台北市政府強制接管，但接下來小巨蛋還有日本傑尼斯NEWS、嵐、陶喆、伍佰、羅志祥等歌手及團體檔期，還是得使用原本東森巨蛋公司的設備。昔日的東森巨蛋公司員工對此頗為感嘆，負責管理小巨蛋設備的東森巨蛋公司員工蘇宜良就說：「把我們趕出去，竟然還用我們買的設備，但我們只能無奈配合。」
東森巨蛋公司被趕出小巨蛋後，許多財物都來不及拿出來，還曾發生趁亂打劫的竊盜案。四樓包廂內的40餘瓶洋酒，竟遭負責維護安全的保全人員監守自盜，東森巨蛋提告後，兩名保全人員坦承偷了4瓶酒喝，與東森巨蛋和解後獲得法院宣告緩刑。
曾任台北市政府法規會主任委員、目前任職東吳大學法律系教授的陳清秀時隔多年，於2016年9月受訪時即說，當時這樣的接管，沒有給合理的改善期間，他更以「政府粗暴」來形容當年的台北小巨蛋接管案。（本文轉載自《都是巨蛋惹的禍》）
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