▲台北市長柯文哲親上火線，錄製影片在「大巨蛋公開資訊專頁」網站播放。（圖／取材自官網）
台北市政府是採BOT模式經營大巨蛋，2006年10月3日，「遠雄巨蛋事業股份有限公司」由集團負責人趙藤雄與當時的台北市長馬英九簽約進行「臺北文化體育園區─大型室內體育館臺北大巨蛋BOT案」。
遠雄巨蛋公司得標後，籌款興建室內體育場，依據雙方合約，市府零出資，遠雄在市府所提供的土地上蓋完大巨蛋後，可以營運使用50年，且不必付給台北市政府權利金，期滿後土地與建物均歸台北市政府所有。遠雄預計打造可容納4萬人的棒球等體育比賽及演唱會場地，另規劃商場、影城、飯店、辦公大樓、旅館等附屬事業，原訂2015年完工，預定作為2017年「臺北世大運」的主場館。
但2009年，在「松菸公園催生聯盟」陳情案中，監察院針對大巨蛋案糾正台北市政府及行政院公共工程委員會，工程會被指重大工程專業不足，侵害台北市政府甄審會專業判斷範疇；台北市政府也被糾正指出，違反《促進民間參與公共建設法》相關規定。且台北市政府與遠雄議定的「興建營運契約」，對於營運期間發生因可歸責於遠雄之事由而終止契約時，市府對遠雄大巨蛋建設原有選擇「收買」或「不為收買」權利，改為市府「應為收買」等39項讓步，有利於遠雄卻侵害北市府權益等違失，增加市府後續接管負擔。
糾正文也附帶指責，遠雄在處理樹木移植過程，有一棵列為受保護樹木及120棵非受保護樹木先後死亡，希望台北市政府應再妥為保護相關樹木，並針對大巨蛋計畫案的開發，應全盤再檢討。
2014年底，柯文哲上任台北市長，鎖定大巨蛋等「五大弊案」調查。隔年1月，台北市政府成立調閱小組，檢視大巨蛋BOT案，由台北市廉政透明委員會（廉委會）全面檢驗「大巨蛋」、「美河市」等案。
台北市政府另由副市長林欽榮擔任召集人，邀集名建築師陳柏森、台大城鄉所教授陳亮全、中央警察大學教授吳貫遠，以及曾參與日本東京巨蛋防災避難設計的日籍防災專家吉田克之與濱田信義加入安檢小組。值得注意的是，吉田克之曾任遠雄大巨蛋原始團隊協力廠商「竹中工務店株式會社」防災部長，後來竹中工務店與遠雄終止合作關係，這也讓遠雄質疑安檢的公正性。
2016年4月16日，安檢報告出爐，結論直指遠雄大巨蛋有5大問題：
1.大巨蛋建築量體過大，災害風險擴大。
2.商場與巨蛋共構造成安全危機。
3.五棟建物地下停車場相連通，遇火災等災難容易蔓延。
4.大巨蛋戶外空間僅可容納6萬人避難，但大巨蛋主體及商場共5棟建物可容納14萬餘人，避難空間不足。
5.救災與逃生路線重疊，群眾疏散時占用救災空間及道路，將影響消防車進入救災。
當天市府記者會建議遠雄集團二選一，一是拆除商業大樓；二是拆除大巨蛋主體，遠雄立即舉行記者會反嗆，並拒絕接受這兩項建議，也不會停工，要求依法依約處理，請北市府實價收購或釋股全民。而北市府則回應，請遠雄在兩個月內改善，否則不排除解約。
就在安檢報告建議遠雄拆蛋或拆商場後一個月不到，台北市政府再射出一箭，2015年5月8日，廉委會認定，大巨蛋案合約中原本應有權利金且必要時台北市政府應該可以接管，但簽定的合約卻零權利金，且刪除台北市政府「接管權」，廉委會認定，前總統馬英九在台北市長任內，處理大巨蛋合約時，涉嫌圖利，2015年5月8日建議將全案移送檢調偵辦。
▲台北市政府大巨蛋公開資訊專頁網站。（圖／取材自官網）
遠雄與市政府不斷地隔空叫陣，交火一年多，在2016年8月間，台北市政府還設置「大巨蛋公開資訊專頁」網站說明立場。大巨蛋被勒令停工15個月後，終於在2016年9月8日找到下台階，柯市長表示，願意給遠雄「最後一次機會」，暫時不與遠雄解約，雙方相持不下一年多的僵局暫時打開。（本文轉載自《都是巨蛋惹的禍》）
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