▲2006年鴻海集團董事長郭台銘在台北小巨蛋舉辦尾牙。（圖／東森國際）
東森集團接手小巨蛋後，自辦最大型的活動，是2006年3月23日起演出的法語音樂劇《鐘樓怪人》，一連演出10天共11場，但《鐘樓怪人》也讓東森巨蛋公司與國內藝文界名人許博允決裂，甚至差點對簿公堂。
當時在東森巨蛋公司擔任副秘書長的前總統府侍衛長王詣典說，許博允在2005年曾代理《鐘樓怪人》來台在國父紀念館演出；2006年《鐘樓怪人》再度來台，演出地點則改到台北小巨蛋，並未由許博允的新象公司負責代理，而是由東森休閒育樂公司自行與演出單位洽商簽約，因此東森與許博允差點鬧翻，還一度要鬧上法庭。
東森與許博允針對《鐘樓怪人》的經紀權紛爭，到了節目演出的第四天，雙方舉行記者會宣布和解。東森允諾將其中一場交由許博允的新象販售，新象則宣布將一半的票房捐給公益弱勢團體，另一半票房則由新象會員以6折價購買，這場紛爭才落幕。《鐘樓怪人》也是東森巨蛋自辦的第一次大型活動，長達10天的演出，共演出11場。
東森巨蛋經營小巨蛋半年不到，即以《雪狼湖》、《鐘樓怪人》等知名歌劇與音樂劇，讓台灣藝文活動與世界成功接軌。《2006歲末頂級盛宴世紀男高音卡瑞拉斯跨年演唱會》，則是2006年在台北小巨蛋的最後一場演出。世界三大男高音之一的卡瑞拉斯（Jose Carreras）與長榮交響樂團及喬琪雅芙曼蒂（GiorgiaFumanti）合作，以世界級的聲樂告別2006年，迎接2007年。
▲2006年12月31日卡瑞拉斯跨年演唱會後，他也主持LED點燈儀式。（圖／東森國際）
除了演唱會等藝文活動及體育賽事及活動，2006年1月，台北小巨蛋將場地先後出租給台新金控、台灣大哥大及鴻海集團舉辦年度尾牙。鴻海集團在台北小巨蛋舉辦尾牙時，台灣首富郭台銘在台北小巨蛋宣布捐出總值逾3億元現金和個人電腦給「永齡基金會」，用以幫助弱勢身心障礙者。依據東森集團資料，東森巨蛋從2005年10月開始試營運，到2007年被接管，共舉辦了379場活動。
東森巨蛋在小巨蛋的一年多時間，不少大牌明星的演出活動，如張學友、五月天、張惠妹，都是與當時東風衛視的負責人葛福鴻合作。透過葛福鴻的「超級圓頂」公司經紀，東森巨蛋與葛福鴻、謝寅龍籌組的都會娛樂，在競爭中成為夥伴。東森巨蛋為求節省成本、儘速開館營運，與葛、謝合作，並一度有意入主葛福鴻的超級圓頂公司，但被拒絕，最後以投資鼎益鑫及南港101等方式，與葛、謝合作。靠著這樣的合作，為小巨蛋帶進不少活動，但這樣的合作關係，也是造成後來被檢調單位認定是涉嫌圍標小巨蛋的起因。
當時擔任東森巨蛋的董事長趙怡指出，實際經營大多是由謝寅龍負責。當時的東森巨蛋副理、現任台北清真寺董事長的馮同瑜，在事隔10年後接受訪問時指出，「當年的東森小謝（謝寅龍）負責小巨蛋的檔期，那時小巨蛋的舞台燈光及音響也是由謝寅龍的鼎益鑫公司負責。」
東森巨蛋經營小巨蛋時，陸續傳出舞台設備費、租金太高等爭議，還與藝文界大老許博允差點對簿公堂，但真正對東森巨蛋致命一擊的，是檢察官在偵辦力霸案時，無意間監聽到了東森巨蛋董事長邱佩琳的一通電話，電話中出現了「搓圓仔湯」關鍵字，啟動了檢調偵辦。這通電話，也決定了東森巨蛋未來的命運。（本文轉載自《都是巨蛋惹的禍》）
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