不單是國宴上的企業界唯一代表，2013年3月2日，馬英九前往基隆視察海科館籌建進度，當時已取得海科館標案的陳慶男，也向馬英九親自遞送陳情書〈海科館的現況與願景〉，提出包括加快審查程序等希望政府協助後續處理的相關工程等。
總統府前副祕書長熊光華日前表示，陳慶男2015年12月9日到總統府拜訪他，主要是為了慶富取得海科館經營權相關的陳情案，向他了解陳情處理進度，與獵雷艦無關，因為他在前一天出席馬總統午宴款待諾魯共和國總統，見到陳慶男關心此案，才和陳約隔日見面了解相關部會的處理情況。
但府方清查陳慶男2013年的陳情紀錄發現，馬英九在該月就以總統名義回函陳慶男，表達「藉悉貴集團籌劃開發國立海洋科技博物館之用心與努力…有關需政府協助之事項，已即請行政院及基隆市政府研處，尚請釋念，知關錦注，耑此函復。」該封信函還使用總統名章回信，而非一般交由總統府公共事務室的層級辦理，顯示馬對陳慶男的陳情是何等的重視。
熊光華也在同年3月6日發函給陳慶男，告知「來函建議請政府協助事項已由公共事務室處理」，亦即馬政府辦理陳慶男2013年3月2日的陳情事項，在4天內就已發文照會各部會，並在同年4月經各部會函覆辦理情形後已結案。
黨政人士指出，「怎麼可能拖到2015年陳慶男入府見熊光華，還在喬2年多前已經結案的同一件事？這謊言也扯得太離譜了吧，倒是12月9日熊與陳見面後，29日簡太郎就在政院召開第二次聯貸案協調會，這才更令人起疑。」
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